На основании морфологических и генетических различий выделяются от 8 до 16 подвидов болотной черепахи, объединяемых в пять групп. На территории России обитает пять.

- Группа Occidentalis
- Группа Galloitalica
- Группа Orbicularis
- Группа Hellenica
- Группа Iberica

Определение подвидов очень размыто и неточно. Достоверную информацию не удалось найти.

Emys orbicularis capolongoi (болотная черепаха Каполонго)

Описание: Длина карапакса до 14,5 см.
Обитание: Обитает в Италии (Сардиния).

 

Группа Occidentalis

Emys orbicularis occidentalis (западная болотная черепаха/ North African Pond Turtle)

Открыт: FRITZ 1993; 
Описание: длина до 15 см.
Обитание: запад Алжира, Марокко, в Тунисе, возможно, уже исчезла, но есть серьезный центр разведения, планируется реинтродукция.

Emys orbicularis orbicularis

Emys orbicularis hispanica (испанская болотная черепаха)

Открыт: FRITZ, KELLER & BUDDE 1996;
Описание: длина 17 см.
Обитание: юго-западная Испания и Португалия.

Emys orbicularis fritzjuergenobsti (болотная черепаха Обста / Obst's Pond Turtle)

Открыт: FRITZ 1993;
Описание: длина до 15-16см
Обитание: ареал ограничен рядом локаций на юге Испании на побережье Средиземного моря;

Emys orbicularis fritzjuergenobsti

 
Группа Galloitalica

Emys orbicularis galloitalica (галло-итальянская болотная черепаха / Italian Pond Turtle) 

Открыт: FRITZ 1995;
Описание: длина 15,5-16,5 см
Обитание: Каталония, крайний юг Франции и запад Италии;

Emys orbicularis galloitalica

Emys orbicularis ingauna

Открыт: JESU et al. 2004;
Описание: длина до 15 см
Обитание: итальянский регион Лигурия

Emys orbicularis ingauna

Группа Orbicularis

Emys orbicularis orbicularis (номинативный подвид)

Открыт: LINNAEUS 1758;
Описание: Длина обычно до 23 см (бывали 32-34)
Номинативный подвид с красным или оранжевым зрачком у самцов. Есть темные полосы на пластроне.
Обитание: Распространён на большей части ареала вида на севере и востоке: от Испании и Франции на западе до Кустанайской, Тургайской, Джезказганской и Кзыл-Ординской областей Казахстана на востоке. Северная граница ареала проходит через центральную и восточную Германию, Польшу, Литву, Латвию, Белоруссию, Россию: Смоленская, Брянская, Орловская, Тульская, Рязанская области, республики Марий Эл, Чувашия, Татария, Башкирия и до Кустанайской области, Казахстан. Южная граница проходит от Каталонии (Испания) через Францию, Северную Италию до юго-востока Балканского полуострова, через северный Крым, Украину, Предкавказье и Казахстан до Приаралья.  Образует многочисленные зоны интерградации с рядом других подвидов. Остаточные послеледниковые популяции сохранились в Швеции, Дании, Нидерландах и Великобритании.

Emys orbicularis orbicularis

Emys orbicularis orbicularis

Emys orbicularis eiselti (болотная черепаха Ейселта / Eiselt's Pond Turtle)

Открыт: FRITZ et al. 1998;
Описание: Длина до 13 см
Обитание: Обитает только в юго-восточной Турции (ил Газиантеп)

Группа Hellenica

Emys orbicularis hellenica (восточно-средиземноморская болотная черепаха, элладская (гелленская) болотная черепаха , Western Turkey Pond Turtle)

Открыт: VALENCIENNES 1832; 
Описание: Длина до 19 см. Радужка глаза жёлтая. Пластрон преимущественно желтый.
Обитание: Распространена на западном побережье Балканского полуострова от Албании на юг, на полуострове Пелопоннес, реликтовые популяции обитают в Южном Крыму и в Турции на Эгейском побережье. В Крыму, на большей части Балкан и в Анатолии находится зона интерградации с номинативным подвидом.

Emys orbicularis hellenica

Emys orbicularis hellenica

Группа Iberica

Emys orbicularis persica (персидская болотная черепаха / Eastern Pond Turtle)

Открыт: EICHWALD 1831;
Описание: длина до 18 см
Обитание: Населяет южное побережье Каспийского моря на севере Ирана и прилежащие районы западной Туркмении.

Emys orbicularis persica

Emys orbicularis persica

Emys orbicularis luteofusca (золотисто-чёрная болотная черепаха)

Открыт: FRITZ 1989
Описание: Длина до 20 см. Взрослые чаще всего однотонно-коричневые без желтых пятен.
Обитание: из центральной и западной Турции,

Emys orbicularis luteofusca

Emys orbicularis luteofusca

 

Emys orbicularis colchica (Колхидская болотная черепаха)

Открыт: FRITZ 1994  
Описание: Длина карапакса до 16,5 см. С темноокрашенным панцирем и небольшой головой.
Обитание: Турция, юго-западное Закавказье и черноморское побережье Абхазии и РФ (Сочинский район);

Emys orbicularis colchica

Emys orbicularis colchica

Emys orbicularis orientalis (восточная болотная черепаха)

Открыт: Fritz, 1994
Обитание: Ареал охватывает прикаспийские районы Ирана и западную Туркмению.

Emys orbicularis orientalis

Emys orbicularis lanzai (болотная черепаха Ланца)

Описание: Длина карапакса до 15 см.
Обитание: Обитает во Франции (Корсика).

 

Emys orbicularis lanzai

   

Emys orbicularis kurae (Куринская черепаха)

Открыт: FRITZ 1994
Описание: Длина карапакса до 18 см. 
Обитание: Населяет Кавказ в бассейне реки Кура, от устья на запад до Гори, Грузию, вдоль побережья Каспийского моря на север до Дагестана, Россию. Южная граница ареала проходит по реке Аракс. Зона интерградации с номинативным подвидом находится в Предкавказье (в районе рек Терек, Кума и Саль).

Источники:
http://www.emys-home.de/EmysGERUnterarten.htm

В 1915 г. А. Никольский описал с берегов Аральского моря подвид Emys orbicularis aralensis, отличавшийся яркой окраской: круглые или полулунной формы ярко-жёлтые пятнышки на зелёном карапаксе и такие же пятна на голове, шее и конечностях. В настоящее время этот подвид не считается валидным и является синонимом номинативного подвида, так как подобная окраска встречается и у черепах из других районов.

Некоторые популяции черепах, обитающие в Италии (Сицилия) относятся к недавно описанному отдельному виду Emys trinacris.